A partir da iniciativa do Governo Brasileiro, na gestão do presidente Lula e da ministra Marina Silva, de implementar as Conferências de Meio Ambiente, o Gambá participou ativamente desse processo, acreditando ser uma instância importante na construção de políticas públicas, buscando envolver a sociedade e estimulando a democracia participativa.
A primeira Conferência Nacional ocorreu em 2003 e contou com a participação de 65 mil pessoas nas suas etapas municipais, estaduais e nacional. A segunda edição foi realizada em 2005, envolvendo, nas diversas etapas, 86 mil pessoas. A terceira edição ocorreu em 2008 aumentando para 115 mil pessoas o número de participantes, com a realização de 750 conferências preparatórias em todas as regiões do país.
O Gambá compôs a nível nacional, nas três edições, a Comissão Organizadora, representando o FBOMS – Fórum Brasileiro de ONGs e Movimentos Sociais. Na Bahia, nas edições de 2005 e 2008, participou ativamente da comissão organizadora estadual.
Nas três edições foram aprovadas deliberações com o propósito de subsidiar a construção de políticas, planos e programas ambientais na busca de melhorar a gestão ambiental nos três níveis de governo (nacional, estadual e municipal) com ampla participação da sociedade.
Entretanto, a implementação dessas deliberações deixaram a desejar, não sendo internalizadas suficientemente pelos diversos governos, o que criou certa frustração da sociedade civil.