O Programa Conservação de Ecossistemas tem como objetivo executar projetos demonstrativos que promovam a preservação e conservação dos sistemas ambientais naturais dos biomas da Mata Atlântica e da Caatinga.
Os Projetos executados através deste Programa buscam a proteção da biodiversidade e dos recursos hídricos através da recuperação e conservação de Áreas de Preservação Permanente – APPs, Áreas de Reserva Legal – ARLs e Unidades de Conservação – UCs. Outras atividades realizadas com esse objetivo são a realização e apoio à pesquisas, ações educativas ambientais, fortalecimento comunitário e alternativas sustentáveis para as populações humanas, respeitando os saberes populares e científicos.
Neste contexto, o Gambá realizou ações na região da Chapada Diamantina – Serra do Sincorá; Região Metropolitana de Salvador – Parque Estadual de Pituaçú e Mata dos 2 Irmãos – Mata de São João; Região do Extremo Sul da Bahia – Parque Nacional de Monte Pascoal. Desde 1996, o Gambá vem desenvolvendo ações na Região do Recôncavo Sul Baiano, especialmente na Serra da Jibóia, através do CPMVS – Centro de Pesquisa e Manejo da Vida Silvestre, sediado na Reserva Jequitibá.
Como resultados significativos deste Programa destacam-se o reflorestamento de 300 hectares de Mata Atlântica com o plantio de mais de um milhão de mudas nativas e a reabilitação e devolução ao habitat natural de 4.500 animais silvestres, promovendo o repovoamento dos fragmentos florestais da Serra da Jibóia.
Os projetos e ações deste Programa que estão atualmente em execução são: