Ao longo das duas primeiras décadas de sua atuação foram trabalhadas inúmeras áreas temáticas, no intuito de intervir na amplitude das questões ambientais enfocadas pelos militantes da organização, como também demandadas pela sociedade.
Para organizar e dar maior visibilidade ao trabalho da organização foram definidos no planejamento estratégico, de 2003, além das atividades de desenvolvimento institucional, três programas setoriais: Conservação de Ecossistemas, Acompanhamento das Políticas Públicas e Formação da Cidadania.
As ações e os projetos desenvolvidos estão vinculados a um desses programas, embora haja sempre a preocupação e a necessidade de uma abordagem integrada entre eles.
Em algumas ocasiões as temáticas abordadas foram tratadas em atividades de divulgação ampla, discutidas com lideranças da sociedade civil, através de ações diferenciadas como manifestações públicas, ações judiciais e nos espaços públicos colegiados, onde vários segmentos sociais têm assento. Portanto ressalta-se:
Ao longo da história, para melhor desenvolver suas atividades o Gambá criou duas estruturas de trabalho, são elas: